Après l'incident de Tchin Tabaraden, en 1990, la question touarègue dans le sud saharien devient un point critique pour l'équilibre de toute la région.
De nombreuses atrocités succèdent aux incident de 1990, avec pour crime originel l'appartenance à l'ethnie Touarègue.
Le gouvernement Nigérien a décidé de tenir une conférence nationale au regard de la situation (1991 - 1992).
Les Touaregs participaient à cette conférence, qui devait mener à d'intéressants débats : le fait que certaines arrestations et exactions auraient été réalisées sans le consentement des chefs militaires (incident d'Agadez, Août 1992), à noter également une confrontation avec les officiers de l'armée Nigérienne, qui décident qu'il faut définir clairement les objectifs contre les rebelles et le besoin de les maîtriser.
Pendant ce temps, le gouvernement encourageait la création de milices de défense dans le nord du pays, en effet, les tribus arabes qui partagent le territoire avec les Touaregs se retrouvent au coeur des tensions. Elles s'organisent alors, notemment en un mouvement, le CVT, qui veillera jusqu'en 1994.
Le mouvement Touareg au Mali a été sévèrement réprimé par l'armée Malienne, les soldats pourtant ne paraissaient pas agir sous couvert du gouvernement.
Le gouvernement utilisa tenta de convaincre les tribus voisines des Touaregs de se liguer contre eux, en arguant que les Touaregs du nord représentaient un grand danger pour l'équilibre du nord du pays. Certaines, à l'image des Kuntas prendront le parti de la rébellion et combattront à leur côté, d'autres rejoindront les milices d'autodéfense à l'image des tribus du Niger.
Un autre combat diplomatique consista à essayer d'obtenir obtenir l'agrément de l'opinion internationale incarnée par l'organisation non gouvernementale Amnesty International.
L'année commença pourtant par des pourparlers de paix entre les deux factions rivales. Les discussions étaient arbitrées par l´Algérie, qui était concernée par les quelques 150.000 réfugiés vivant au sud du pays principalement à Tamanrasset et Janet. Ces pourparlers aboutirent à la signature d'un pacte de paix en 1991.
Mais parce qu'il avait sans doute été signé un peu précipitamment, cette bonne intention ne perdura pas longtemps, le gouvernement préférant probablement un règlement définitif par la voie militaire.
Le 20 mai 1991 à Léré dans le district de Tombouctou, les militaires Maliens ont massacré des dizaines de Touaregs et de Maures sur la place publique. Les familles des victimes ont été enlevées et retenues en otage pendant près d'un an.